L'IUT Bordeaux Montaigne est géré collégialement par les enseignants permanents et le personnel administratif et technique (BIATSS) élus ou intégrés de droit dans plusieurs instances afin d'assurer le fonctionnement démocratique de l'établissement.
L’IUT Bordeaux Montaigne comprend :
- Un Conseil d’Institut qui est l’organe délibérant de l’IUT. En son sein fonctionnent : une commission permanente, une commission technique et une commission de choix du personnel enseignant.
- Un Directeur, organe exécutif (qui peut être secondé par un ou plusieurs adjoints).
- Un Comité de direction, organe de coordination pédagogique qui assiste le directeur.
- Un Comité de gestion qui assiste, pour les préparations budgétaires, le directeur, le responsable administratif.
- Une Commission de choix des enseignants.
- Une Commission paritaire du personnel BIATSS.